Cano lidera el clandestino Movimiento Bolivariano de la Nueva Colombia, proyecto polÃtico de las FARC lanzado el 29 de abril de 2000 y del Partido Comunista Clandestino o PC3. Es considerado como el intelectual e ideólogo polÃtico de  este grupo armado.
Sin embargo, Sáenz Vargas prefirió tomar el camino de la lucha armada y se internó en las montañas colombianas enlistándose en las FARC.
Ya en las FARC, Sáenz adquiere el nombre de guerra de "Alfonso Cano" y asciende rápidamente en la organización hasta convertirse en uno de los hombres más cercanos a Jacobo Arenas, ideólogo histórico de las FARC, quien fallece en agosto de 1990. Cano retoma entonces su legado polÃtico.
En enero de 2008 fue condenado en ausencia a 40 años de cárcel por ejecutar a 40 guerrilleros que fueron sometidos a juicios de guerra por faltas disciplinarias según fuentes judiciales.
En mayo de 2008 el gobierno anunció que la muerte de Manuel Marulanda por causas naturales tres meses atrás. En ese momento, Cano asumió su lugar como lÃder del grupo guerrillero. Â
En septiembre de 2008, el Gobierno colombiano aseguró haber interceptado un mensaje del lÃder guerrillero de fecha 16 de agosto, un documento de 14 puntos que delineaba las  directrices a sus subalternos. En ese texto, consideró que el Secretariado o cúpula de las FARC deberÃa  disponer de 5 ó 6 millones de dólares para rearmar los distintos frentes.